辣椒种子幼苗时期烧根多发生在幼苗出土期和出土后的一段时间。
烧根的发生既与床土肥料的种类、性质、多少有关，也与床土水分和播种后覆土厚度相关。苗床培养土中如果施肥过多，尤其是氮肥过多，肥料浓度很高，幼苗根系发育不良，就会产生一种生理干旱烧根现象。
床土中若施用未腐熟的有机肥料，经过灌水和覆盖塑料薄膜以后，土温显著增高，促进有机肥料的发酵腐熟，在发酵腐熟过程中，产生大量的热量，使根际土温剧增，导致烧根。
如若床土施肥不均，床面整理不平，灌水不匀，或灰粪覆盖种子，使床土极度碱化，也会造成烧根。另外，播种后覆土太薄，辣椒种子发芽生根之后，床内温度高，表土干燥，也易形成烧根或烧芽。
苗床施用充分腐熟的有机肥，氮肥施用不能过量，灰肥适当少施。施入床内后要同床土拌和均匀，整平畦面，使床土虚实一致，灌足底水。播种后保证覆土厚度适宜，从而消除烧根的土壤因素。
出苗后发生烧根现象，要选择晴天中午及时浇灌清水，稀释土壤溶液，随后覆盖细土，封闭苗床，中午实行苗床遮荫，促使发生新根。
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